菌种的接种与培养。接种时试管(瓶口)朝下并靠近酒精灯火焰处，用接种针把母种试管内的菌丝体连同原培养基切成0.50厘米x 0.50厘米小块移入1支新试管培养基斜面上，塞紧棉花，放到23℃恒温箱或培养室中培养8-10天菌丝即长满斜面。
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原种、栽培种的接种与培养。用接种针把母种试管内的菌丝体挑取1平方厘米菌种块接入原种(或栽培种)瓶中的培养基上，同样瓶口靠近酒精灯火焰处，速度要快。接好后塞上棉花，放到23℃培养室中培养。
液体菌种的接种与培养在高压灭菌后的液体培养基内接入2平方厘米生长旺盛的斜面母种一块，使汽生菌丝的一面向上悬浮于液面，在23℃温度下静态培养2-3天，再置于复式摇瓶机(振荡频率80-100次/分钟)上振荡培养3-4天，当液体呈浅黄色、清澈透明、具有香味时，移入消毒后的接种室，在酒精灯火焰口处将液体倒入经消毒的栽培种培养基表面，量为每瓶10-15毫升，然后置于23℃气温的培养室中培养27天左右即可成为栽培种使用。液体菌种的特点是在原种量小的情况下作为原种使用，采用液体培养基培养仅需1周左右，比培养固体原种可缩短4倍的时间，而且菌龄一致，菌丝健状，生活力旺盛。
金针菇菌种的保藏：
1、低温保藏：把长满斜面的菌种放在4℃冰箱中，每隔5个月再移植1次。
2、常温保存：用木屑配制的培养基菌丝长满后用石腊封闭棉塞，常温下保存。
3、液氮保藏：菌种贮藏在-130℃—-193℃的液氮罐内。
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