降温程序是决定冷冻效果的另一个关键因素。细胞内部易形成冰晶对细胞造成损伤；若降温速度过慢，会因细胞外部介质的水分结冰而导致细胞过度脱水死亡。因为-60~0℃的低温对细胞的损伤最大，因此要选择合适的降温程序，让细胞在能够适应温度骤变的前提下，迅速安全地通过这个温度危险区，提高冷冻效果。根据研究的数据和相关报道，在精超低温冷冻前先于4℃平衡15~25min，再于距离液氮面15cm处停留5min，在距离液氮面5cm处停留10min，可使栉江珧、近江牡蛎、马氏珠母贝等精冷冻效果达到最好。样品体积对冷冻效果也有影响。样品体积的不同可能影响了热的交换，体积小的样品降温快，体积大的样品降温慢，这间接造成了降温条件的差异，导致精活率不一样。关于双壳类最适冷冻体积的探讨，朱豪磊认为香港牡蛎在冷冻体积为0.75mL时复苏效率最高；李纯认为紫贻贝、栉孔扇贝和菲律宾蛤仔的最适精冷冻体积分别为0.4、1和1mL。有研究的数据显示，栉江珧和近江牡蛎精在冷冻体积为1.0~1.4mL的范围内保存效率最高。分析以上研究结果不同的原因，一方面是物种间的差异，更重要的是降温程序存在差异。柯亚夫等认为，不同体积的样品保存时要对应不同的降温方法，以达到最适保存效果。1.0~1.4mL的样品体积最适合栉江珧和近江牡蛎的研究结果，双壳类精的超低温冷冻保存起始于20世纪70年代。
气相液氮罐 
